Les chuunins qui ont montré des capacités extraordinaires deviennent juunin. C'est un rang élevé réservé à l'élite des ninjas. Les juunins réalisent des missions difficiles (rang A ou B) portant souvent sur un assassinat, un vol, ou dans certains cas, le rassemblement d'informations. Un juunin se voit attribuer une équipe de 3 jeunes gennins qu'il va devoir former.