Le Kekkei-genkai est une capacité transmise génétiquement au sein d'un clan ne pouvant être imitée ou dupliquée par aucune méthode même par le Sharingan
(quoiqu'il soit éventuellement possible de la copier via des manipulations génétiques). Les Kekkei genkai sont souvent un avantage et sont couramment utilisées par les ninjas pouraugmenter leurs chances de gagner un combat ou de réussir dans une autre situation.
Voici les différents types de Kekkei Genkai existant :
* Le Hyoton
* Le Mokuton
* Le Byakugan
* Le Rinnegan
* Le Sharingan
* Shikotsumyaku
* Souma no Ko
Certains peuvent être supposés, c'est le cas de Deidara avec son argile explosif et la bouche qui est dans sa main, du troisième kazekage maintenant possédé par Sasori, montrant une étrange technique de sable ferreux. Zetsu et ses yeux ressemblant au Byakugan, et Suigetsu, membre de l´équipe Hebi, qui est capable de se liquéfier.